Desde el siglo XIX, en San Juan del Río, el ayuntamiento ha sesionado de manera permanente en el antiguo edificio del Ex Convento de Santo Domingo, lugar sumamente histórico del cual salieron los misioneros que evangelizaron la Sierra Gorda queretana, un lugar donde también descansaban aquellos misioneros que veían de la Ciudad de México y que se dirigían al norte del país. Un lugar muy emblemático para los dominicos sin duda por la importancia que se te tuvo para la evangelización de la Nueva España.
Luego de las leyes de reforma y de la desamortización de los bienes de la iglesia, el ex convento paso a ser parte de los bienes de la federación y en el año de 1870 el gobierno federal lo da en comodato al Ayuntamiento de San Juan del Río para que sea la sede de esta institución, pero además es utilizado como sede escuela de enseñanza básica.
Podemos decir que desde 1870 este lugar ha sido el asiento de las decisiones políticas y gubernamentales de los sanjuanenses, y en específico en su salón de cabildos, se han tomado las decisiones más importantes para la vida política de los sanjuanenses. En este lugar han tomado posesión presidentes municipales, han rendido informes de gobierno muchos de ellos, se han dado reconocimientos a sanjuanenses ilustres y se han aprobado reglamentos y disposiciones que han regido a San Juan del Río.
De un estilo sobrio, de las paredes del Salón de Cabildos, cuelgan los retratos de quienes han gobernado el municipio y en la parte central encontramos el bello escudo de San Juan del Río diseñado por el pintor Héctor Raúl Rojas López.
Así las cosas en este salón se han realizado también otro tipo de ceremonias como bodas civiles, homenajes a maestros, funerales que por cierto el último fue al regidor en funciones Salvador Zúñiga quien falleció durante la administración 2000- 2003. En este salón también se recibieron de manera solemne los originales de las constituciones mexicanas que se trajeron a la ciudad de Querétaro el día 4 de febrero de 1967 en el periodo del Presidente Municipal Lic. Manuel Suárez Muñoz.
En este salón también se han dado situaciones “fuera de lo común” como manifestaciones en contra de regidores o incluso lugar para atender a personas que se encontraban en situaciones complicadas.
Así las cosas, el actual Ayuntamiento de San Juan del Río, ha tomado con acierto la determinación de nombrar un nuevo lugar para sesionar que lo será en el edificio del “Centro Cívico”, en donde el órgano de gobierno sesionará de manera ordinaria, dejando el antiguo Salón de Cabildos para actos protocolarios y ocasiones solemnes, que amerite la realización de las sesiones correspondientes.